El Grupo PARK diseña la solución IFDOTMETER para automatizar análisis de imágenes

La aplicación permite la cuantificación de imágenes sin la necesidad de que el investigador esté presente. La principal ventaja reside en el procesamiento de las imágenes de forma secuencial y automática, a la vez que genera los resultados y estadísticas

22/10/2013. El grupo de investigación PARK de la Universidad de Extremadura, en colaboración con los ingenieros en Informática por la UEx Antonio Gragera y Alejandro Cristo, ha desarrollado una solución software para automatizar el análisis de imágenes provenientes de ensayos de microscopia de fluorescencia.

El Coordinador del grupo, José Manuel Fuentes, profesor del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular y Genética de la Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional de la UEx, ha explicado que esta aplicación permite la cuantificación de imágenes sin la necesidad de que el investigador esté presente. Según Fuentes, la principal ventaja que presenta este software sobre otros ya existentes es la posibilidad de procesar las imágenes de forma secuencial y automática, a la vez que se generan los resultados y estadísticas de manera directa. Esto supone el ahorro de gran cantidad de tiempo a los investigadores, ya que son convencionalmente éstos quienes han de realizar los cálculos de manera manual sobre cada una de las imágenes, implicando la posibilidad de dedicarse a otras labores de investigación en lugar de a tediosas tareas rutinarias de cuantificación.

La aplicación, bautizada como IfDotMeter, surgió en un primer momento para facilitar el estudio de las alteraciones de procesos bioquímicos y celulares vinculadas con la investigación que realiza el Grupo PARK en relación con la etiología de la enfermedad de Parkinson, aunque es extensible al análisis cuantitativo de imágenes de fluorescencia en cualquier contexto. Ha sido desarrollada en el lenguaje de programación Java 1.7, garantizando una completa compatibilidad con sistemas operativos basados en Windows, Linux o MacOS. Aparte de presentar una interfaz gráfica muy intuitiva que asegura la comodidad y sencillez de manejo por parte del analista, la aplicación IfDotMeter proporciona multitud de funcionalidades, entre las que se encuentran la automatización del cálculo del área celular, la detección de proteínas en el interior de la propia célula (proporcionando el área total de grupos, localización, color y tamaño), el volcado de los resultados generados a una hoja de cálculo para verificaciones y estudios posteriores, y la posibilidad de generar datos denominados merge, composición de imágenes a falso color muy útiles para análisis más avanzados

Por otra parte, José Manuel Fuentes destaca la transversalidad de esta actividad en la que han participado investigadores de áreas de trabajo tan diferentes como las Ciencias de la Vida o la Ingeniería Informática, constituyendo un equipo multidisciplinar para la realización de actividades de I+D+i con orientación, no sólo al desarrollo científico, sino también al sector productivo.

La aplicación ha sido ya registrada y está pendiente de publicación en diversas revistas de las áreas implicadas. En la actualidad, ya se está trabajando en otros desarrollos de interés científico, y no se descarta la creación de una spin-off en un futuro.

El grupo PARK es el único de la región integrado en el Centro de Investigación Biomédica sobre Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), perteneciente al Instituto de Salud Carlos III, el cual lidera a nivel nacional el estudio de este tipo de patologías y está integrada en la Red Internacional de Centros de Excelencia en Investigación sobre Neurodegeneración (CoEN).